Também nesta data (29-08-1988) foi firmado convênio para elaboração do Projeto de Esgotamento Sanitário entre FUNASA e município de São Ludgero.

Em 1993, em função do crescimento populacional urbano e da escassez de água, com a  parceria entre  SAMAE, Prefeitura e Fundação Nacional de Saúde, construiu-se um novo sistema de tratamento de água, a ETA de Bom Retiro Baixo, funcionando com sistema de filtros lentos com uma vazão de 18 litros/segundo. A captação da água passou a ser realizada  em dois mananciais, que se originam na localidade de Bom Retiro.

Em 1998, a Estação de Tratamento de Água (ETA) de Bom Retiro Baixo sofreu uma reformulação e passou a operar através de sistema convencional, ou seja realizando os seguintes processos: floculação, decantação, filtros rápidos, tratamento com correção do PH  através de cal hidratada, hipoclorito   de sódio para desinfecção e fluossílicato para prevenção de cáries, seguindo os padrões de potabilidade exigidos pelo Ministério da Saúde. Esta modificação foi realizada em função da alteração da composição da água, que apresentou alto teor de ferro  e  turbidez acentuada, caudadas pela precipitação intensa de chuvas  principalmente no verão. As captações também foram ampliadas, aumentando a quantidade  de água disponível

Em  2015 a ETA foi  ampliada sua capacidade tratamento para 55 l/s.

Em 1990, foi entregue pela FUNASA, o projeto para implantação do sistema de esgotamento sanitário no município, sendo que através de recursos federais iniciaram-se as obras em 1994 e em 1995 foi inaugurada a primeira etapa do projeto que previa a instalação inicial de uma lagoa de estabilização de esgotos, uma estação elevatória e implantação de emissário e redes coletoras na parte central da margem esquerda, com  recursos da Fundação Nacional de Saúde, Prefeitura Municipal, e SAMAE.

E assim nos anos subsequentes, foram sendo ampliadas as áreas atendidas com redes de coleta e tratamento de esgoto sanitário, e num horizonte de pouco mais de 20 anos toda a cidade conta com cobertura deste importante serviço, que proporciona melhor qualidade de vida a população.

Em 2008 entrou em funcionamento o reator UASB (unidade anaeróbia de substrato biológico), com o objetivo de reduzir a carga orgânica nas lagoas e melhorar a eficiência do sistema. As unidades da ETE foram dimensionadas para funcionamento até o ano de 2027, considerando os uma  população de atendimento estimada: 14.009 habitantes.
É um projeto de grande importância para o município, pois permite o retorno dos esgotos domésticos ao leito do Rio Braço do Norte, com índices superiores a 90% de redução da carga orgânica.

Os primeiros servidores foram o Sr. Celito Wernke (in memorian) responsável pela área administrativa e o Sr. Antonio Marcos (Toninho da Água) foi o primeiro encanador do SAMAE.

A FUNASA (ex-FSESP)  teve papel fundamental no alcance da universalização do saneamento, que desde a criação até o ano de 1997 esteve presente na administração do SAMAE, com projetos e profissionais altamente qualificados, além da alocação de recursos.  Um modelo de gestão técnica, eficiente  e que o município agora colhe os frutos.

Pela  gestão eficiente e ética do SAMAE,  o município de São Ludgero recebeu três  premiações:

Prêmio Fritz Muller concedido pelo IMA – Instituto do Meio Ambiente de Santa Catarina em 2016.

E em 2018 respectivamente, pelos projetos  inscritos na categoria Tratamento de Efluentes:  “Sistema de Tratamento do Lodo e reaproveitamento da água de serviço da ETA” e  “São Ludgero: 100% do Esgoto Sanitário Tratado – Urbano e Rural”.

Premiação do Instituto Trata Brasil na categoria  “Casos de Sucesso em Saneamento Básico 2019 - Cidades de médio e pequeno porte”, realizado em Piracicaba (SP).

Veja o vídeo sobre a premiação - Trata Brasil

Com trabalho, dedicação e  comprometimento dos gestores e técnicos e com foco na qualidade e responsabilidade social , o SAMAE construiu  uma história de sucesso, mostrando que é  possível  realizar um a gestão eficiente e sustentável na prestação de serviços públicos de saneamento.