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A preocupação com saneamento básico  data de mais de cinco décadas, quando no ano 1966, o então prefeito Daniel Bruning, criou a autarquia municipal SAMAE, para ser responsável pelo tratamento de água e de esgoto sanitário. Com o apoio financeiro e técnico da FUNASA, antiga FSESP(Fundação Serviço Especial de Saúde Pública), construiu a primeira estação de tratamento de água, que foi inaugurada em 1968. Também neste ano foi firmado convenio com a FUNASA que passou a administrar o SAMAE, e investir  recursos não onerosos no saneamento do município.
A Funasa esteve na administração do SAMAE até o ano de 1997, após isso a gestão é municipal e a Funasa continuou presente através de um convênio de Cooperação Técnica.
Já em 29 de agosto de 1988, um importante passo foi dado,  quando foi firmado convênio para elaboração do Projeto de Esgotamento Sanitário entre Funasa e Município, o qual foi entregue no ano de 1990.
As obras para  primeira etapa de implantação do sistema de esgotamento sanitário, foram iniciadas em 1994 , com a participação de recursos da Fundação Nacional de Saúde, e contrapartida  do município, sendo a primeira etapa  inaugurada em  1995,  abrangendo redes coletoras na margem esquerda, 01  estação elevatória e a primeira lagoa de estabilização.
No ano de 2002 foi inaugurada a segunda lagoa de estabilização, ocorrendo no período o crescimento gradativo da extensão de redes coletoras e da população atendida.
No entanto, em função das exigências cada vez maiores dos órgãos ambientais em relação aos parâmetros de eficiência do tratamento dos esgotos, em 2005 foi elaborado o projeto para implantação de uma unidade de substrato biológico – Reator UASB, com caixa de areia,  gradeamento e leito de secagem. Este tratamento preliminar (primário)  tem por finalidade reduzir a carga de matéria orgânica em mais de 60% antes de chegar as lagoas, proporcionando no final do processo uma eficiência  muito próxima de 100%.
No ano de 2006 o município atingiu mais de 98% de cobertura com esgotamento sanitário no perímetro urbano, sendo que o restante referiam-se as aos imóveis localizados em áreas de parcelamento de solo não regularizadas legalmente, e que por força de lei, não se poderia atender.
Paralelo  este trabalho no perímetro urbano, da necessidade de se investir em saneamento nas áreas rurais, principalmente nas áreas de captação, de água do SAMAE para abastecimento público, surgiu a parceria entre Prefeitura, SAMAE e EPAGRI. Através de análises de água  realizadas nas propriedades rurais, verificou-se que em sua grande maioria, estavam com suas fontes contaminadas.
A partir desta realidade foi  que as famílias das comunidades de Bom Retiro e Mar grosso reunidas com técnicos do escritório local da Epagri  optaram por investir em saneamento em suas  propriedades, com recursos do Governo do Estado de Santa Catarina, via recurso do Banco Mundial, através dos projetos Micro-bacias 1 e 2.
 De  2006 a 2009  foram mais de 140 conjuntos de saneamento rural instalados, compostos de duas  fossas, filtro e zona de raízes (plantação de bananas).
A escolha do modelo adotado no município se deu,  primeiro pela eficiência do sistema, e segundo pela adaptabilidade do sistema aos mais diferentes tipos de terrenos.
 O projeto foi ampliado para outras comunidades e nos anos seguintes, foram sendo instalados em torno de 20 sistemas por ano.
Em 2011, foi aprovada lei que autorizava o executivo a fazer a doação dos conjuntos de saneamento, um importante marco para a continuidade do projeto, tendo sido alcançado até maio de 2015, o percentual próximo   50%,  ou seja a instalação de mais de 260 conjuntos.
Em 2015 com o objetivo de atingir o índice de 100% de cobertura com esgotamento sanitário no município, e para que a meta estabelecida fosse alcançada, foi criado um Grupo de Trabalho.
 Em 2 de junho de 2015, durante as comemorações de aniversário da cidade, foi oficializado a parceria já existente,  entre Administração Municipal, SAMAE e EPAGRI, tendo como meta lançada,  oportunizar que todas as famílias do  perímetro urbano e meio rural fossem beneficiadas com o tratamento do esgoto doméstico, contribuindo diretamente com a saúde pública, a preservação da água e do Meio Ambiente.
No perímetro urbano, a conclusão dos 100% se deu pelo fato do município aderir ao Programa de Regularização Fundiária “Lar Legal”, do Governo do Estado, o qual tem o objetivo de oportunizar as sonhadas escrituras públicas respeitando legislações vigentes.
Além disso, revisões nas ligações e redes do perímetro urbano estão sendo realizadas pelas equipes do Samae e Vigilância Sanitária com o propósito de detectar e regularizar possíveis ligações clandestinas ou residências que ainda não estavam legalmente ligadas a rede coletora.
No caso do meio rural, ainda existia um grande desafio de investimento público para acelerar a instalação de mais de 300 Sistemas de Tratamento Individual estimados em levantamento realizado.
O custo para implantação dos conjuntos,   levando em consideração as peças, máquina e profissionais, tem um investimento médio de R$ 1,8 mil por família, onde a administração faz a compra dos conjuntos, o SAMAE entra com a instalação (mão-de-obra e horas-maquina) e a Epagri com mobilização e orientação técnica.  Com a união de esforços, onde  cada setor fez a sua parte.
E, não era somente isso, outro grande desafio era o convencimento das famílias que se tratava de algo bom, envolvendo Saúde Pública e Meio Ambiente. Neste trabalho teve papel fundamental as Agentes Comunitárias de Saúde, os profissionais da Secretaria de Saúde e da Epagri.   
Também importante destacar o trabalho de Educação Ambiental realizado em parceria, que vem sendo realizado desde 2002, com as escolas e comunidade, com projetos de recuperação de nascentes e mata ciliar, capacitação de professores e agentes comunitárias, exposições, cartilha, carta da terra para crianças, seminários entre outras atividades.
Com certeza uma parceria que rendeu muitos frutos e que agora consolida-se como  meta alcançada o  índice de 100%  de cobertura com esgoto tratado.
A FUNASA neste contexto teve papel fundamental, desde o inicio com a administração do SAMAE, com projetos e profissionais altamente qualificados, além da alocação de recursos a fundo perdido, buscando uma gestão transparente e eficiente em prol da saúde pública.
São Ludgero, uma cidade colonizada a mais de 140 anos, com 55 anos de emancipação política e que há mais de 50 anos vem trabalhando na prática o saneamento básico. Um mérito de todos os segmentos envolvidos, e quem ganha é a coletividade que terá mais qualidade de vida e um meio ambiente saudável.